轉(zhuǎn)基因植物大多是為人類食品或動物飼料所用,因此食品安全性也是轉(zhuǎn)基因植物安全性評價的一個重要方面?；蚬こ淌称钒踩詥栴}主要是由于抗生素或除草劑抗性選擇標(biāo)記基因存留于轉(zhuǎn)基因植物中產(chǎn)生的,這類標(biāo)記基因及其產(chǎn)物可能是有毒的或是過敏的。

1993年經(jīng)合組織(OECD)提出了食品安全性評價的實(shí)質(zhì)等同性原則。即如果轉(zhuǎn)基因植物生產(chǎn)的產(chǎn)品與傳統(tǒng)的產(chǎn)品具有實(shí)質(zhì)同等性,則可以認(rèn)為是安全的。轉(zhuǎn)基因食品必須在天然有毒物質(zhì)、成分及抗?fàn)I養(yǎng)因子、過敏原與自然食品方面具有實(shí)質(zhì)性相同,才是安全的。在進(jìn)行實(shí)質(zhì)等同性評價時,要考慮兩個方面的問題。

（1）有毒物質(zhì)　要確保轉(zhuǎn)入外源基因或基因產(chǎn)物對人畜無毒,如轉(zhuǎn)Bt殺蟲基因玉米除含有Bt殺蟲蛋白外,與傳統(tǒng)玉米在營養(yǎng)物質(zhì)含量等方面具有實(shí)質(zhì)等同性,要評價它作為飼料或食品的安全性,則應(yīng)集中研究Bt蛋白對人畜的安全性。

（2）過敏源　在基因工程中如果將控制過敏源形成的基因轉(zhuǎn)入新的植物中,則會對過敏人群造成不利的影響。常見的過敏性物質(zhì)有:花生、大豆、堅(jiān)果等,堅(jiān)果中的2S蛋白就是過敏源。用于品質(zhì)改良的目的基因來源也值得引起人們的注意,如為了克服大豆種子中缺乏含硫氨基酸,Nordlee等曾將巴西堅(jiān)果中的2S蛋白導(dǎo)入大豆,雖然使大豆的含硫氨基酸增加了,但由于巴西堅(jiān)果是過敏性植物,也未獲準(zhǔn)進(jìn)入商品化生產(chǎn)。